چشم انداز ما “دیدن یک جامعه اگاه، مرفه و سالم در افغانستان است که در ان خدمات اجتماعی با کیفیت بر اساس اصول دموکراسی، حاکمیت قانون، عدالت اجتماعی، صلح و عدم تبعیض ارائه می شود” و ماموریت ما “ارائه خدمات با کیفیت خوب در بخش های بهداشت، اموزش، حقوق بشر، توانمندسازی زنان و دموکراسی” است. شعار سازمان ما “کار برای فردای بهتر” است.

موسسه شهدا در سال 1989 توسط داکتر سیما سمر، رئیس کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان و اقای عبدالرئوف نوید، مدیر اجرایی فعلی موسسه شهدا، با هدف رسیدگی به عدم وجود کامل مراقبت های بهداشتی باروری برای زنان افغان تاسیس شده است. بعدها فعالیت های خود را به سایر زمینه های حقوق بشر، از جمله توانمندسازی زنان، جنسیت و دموکراسی گسترش داد. موسسه شهدا دارای یک ساختار دموکراتیک است که در ان هیئت مدیره  و هیئت اجرایی نهادهای تصمیم گیری هستند. موسسه شهدا دارای تعهدات استراتژیک و مشارکت با سازمان های ملی موجود مانند کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان (AIHRC) و نهاد هماهنگی اژانس برای امداد افغانستان (ACBAR) و همچنین چندین سازمان بین المللی دیگر است. موسسه شهدا همکاری با وزارتخانه های مربوطه از جمله وزارت معارف و وزارت صحت عامه را توسعه داده است. در تمام فعالیت های خود، اسناد استراتژیک ملی مانند استراتژی توسعه ملی افغانستان (ANDS: Afghan National Development Strategy) و اهداف توسعه هزاره (MDGs: Millennium Development Goals) را در نظر می گیرد.